После исчезновения Уолтера Скайлер пытается понять, куда он пропал, а Хэнк подключается к поискам. Сам Уолтер вместе с Джесси оказывается втянут в опасную историю с Туко, который становится всё непредсказуемее. Им приходится скрывать правду о случившемся, пока Хэнк собирает свидетельства и подходит к следу. Вернувшись домой, Уолтер изображает провалы в памяти, но Скайлер не верит его объяснениям. Джесси тем временем теряет деньги и жильё, а напряжение между героями растёт. Уолтеру приходится одновременно удерживать семью, заметать следы и искать путь к продолжению опасного бизнеса.

Уолтер и Джесси пытаются пережить столкновение с Туко.
Хэнк расследует исчезновение Уолтера и выходит на Джесси.
Скайлер сомневается в рассказах Уолтера и отдаляется от него.
Джесси теряет дом и деньги, пока Уолтер ищет новый план.

Этот сезон заметно мрачнее и тревожнее первого: опасность теперь не заканчивается на кухне, в лаборатории или во время сделки, а проникает в дом Уолтера. История чаще показывает последствия выбора, а не только сам риск, поэтому семейные разговоры становятся не менее напряжёнными, чем встречи с преступниками. В повествовании появляются новые правила подпольного бизнеса, Сол Гудман и Гус Фринг, а Джесси получает больше самостоятельных сюжетных линий. При этом сериал сохраняет чёрный юмор, но постепенно вытесняет его ощущением неизбежной расплаты и нарастающей тревогой.